Пальянов Андрей Юрьевич

 

Образование:

  • 1998 г. Окончил школу-колледж №130 с углубленным изучением английского языка
  • 2002 г. Присуждена степень бакалавра физики (Новосибирский Государственный Университет, Физический факультет, кафедра Химической и биологической физики)
  • 2004 г. Присуждена степень магистра физики (Новосибирский Государственный Университет, Физический факультет, кафедра Химической и биологической физики)
  • 14.05.2008. Защитил кандидатскую диссертацию (к.ф.-м.н) в Институте химической кинетики и горения СО РАН на тему «Решеточные модели белков с усложненным механизмом укладки, их энергетические поверхности и кинетика укладки» (под руководством д.ф.-м.н., профессора С.Ф. Чекмарева и к.ф.-м.н. И.И. Титова).

Карьера:

  • 2018 г. – н.в.   Институт систем информатики СО РАН им. А.П. Ершова, Новосибирск, директор.
  • 2015 – 2018 г. Институт систем информатики СО РАН им. А.П. Ершова, Новосибирск, старший научный сотрудник, Лаборатория моделирования сложных систем.
  • 2011 – 2015 г. Институт систем информатики СО РАН им. А.П. Ершова, Новосибирск, ученый секретарь.
  • 2008 – 2011 г. Институт систем информатики СО РАН им. А.П. Ершова, Новосибирск, научный сотрудник, Лаборатория моделирования сложных систем.
  • 2004 – 2008 г. Институт теплофизики СО РАН, Новосибирск, аспирант.
  • 2006 г. Université Louis Pasteur, Laboratory of Biophysical Chemistry (зав. лаб. M. Karplus), Strasbourg, Ph.D. student.
  • 2000 – 2004 г. Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, дипломная практика (бакалавратура, магистратура). Лаборатория теоретической генетики.
  • 2003 – 2005 г. Научный образовательный центр "Молекулярный дизайн и экологически безопасные технологии" при НГУ, лаборант-исследователь.

Участие в научных грантах:

  • Грант РФФИ №18-07-00903-А «Компьютерное моделирование и валидация механизмов генерации периодических сигналов и управления мышцами тела в нервной системе C. elegans», 2018-2020 гг., руководитель А.Ю. Пальянов.
  • Грант Президента РФ № МК-5714.2015.9 Грант Президента РФ № МК-5714.2015.9 «Разработка методологии и алгоритмической базы для создания первого виртуального организма под управлением биологически обоснованной компьютерной модели его нейронной сети», 2015-2016 гг., руководитель - А.Ю. Пальянов.
  • Грант РНФ №14-14-00325 «Развитие гидродинамического подхода к исследованию процесса укладки белков: поля потоков укладки, потенциал движущих сил и явления турбулентности», 2014-2016 гг., руководитель - д.ф.-м.н., проф. С.Ф Чекмарев.
  • Грант РФФИ №14-07-31039-мол_а, «Разработка методологии и алгоритмической базы для задач моделирования в области биофизики живых систем», 2014-2015 гг., руководитель А.Ю. Пальянов.
  • Междисциплинарный интеграционный проект СО РАН №136 «Исследование информационных и молекулярно-генетических механизмов функционирования сетей нейронов на основе экспериментально-компьютерных подходов», 2012-2014 г. (руководитель проекта - академик РАН Н.А. Колчанов, ИЦиГ СО РАН; руководитель блока «Компьютерный анализ и моделирование нейронов и сетей нейронов нематоды C. elegans» в ИСИ СО РАН - А.Ю. Пальянов).
  • РФФИ 08-04-91104-АФГИР_а «Гидродинамический подход к анализу укладки белков и других сложных реакций», 2008-2009 гг., руководитель - д.ф.-м.н., проф. С.Ф Чекмарев.
  • CRDF (Protein Folding: A Kinetic Approach to the Mechanism of Protein Folding, RUP2-2629-NO-04).
  • CRDF (Award No. NO-008-X1).
  • INTAS (Experimental and theoretical investigation of dynamic processes in biological macromolecules, № 2001-2126).
  • РФФИ (Пути реакции в сложных атомно-молекулярных системах, № 02-03-32048).
  • РФФИ (Интегрированная электронная библиотека по пространственным структурам и функциям ДНК, РНК, белков и генных сетей, № 01-07-90376).
  • Междисциплинарный интеграционный проект СО РАН № 119 «Генные сети: компьютерный анализ и моделирование структурно-функциональной организации и эволюции».
  • Междисциплинарный интеграционный проект СО РАН № 148 «Самоорганизация, катализ и процессы химической эволюции в гравитационно и термодинамически неустойчивых системах, моделирующих ранние этапы формирования Земли».  

Публикации в СМИ:

Преподавательская деятельность:

Под моим научным руководством на кафедре ММФ НГУ выполнены и защищены следующие работы:

  1. Самойлова Христина Вячеславовна, ММФ НГУ, защитила на «отлично» магистерскую дипломную работу в 2017 г.
  2. Малышева Анастасия Дмитриевна, ММФ НГУ, защитила на «отлично» бакалаврскую дипломную работу в 2017 г.
  3. Тарабрин Алексей Аркадьевич, ММФ НГУ, защитил на «отлично» бакалаврскую дипломную работу в 2017 г.
  4. Сердцева Надежда Андреевна, ММФ НГУ, защитила на «отлично» бакалаврскую дипломную работу «Разработка и применение системы для 3D визуализации и работы с моделями биологических нейронов на базе пакета NEURON» в 2016 г.
  5. Самойлова Христина Вячеславовна, ММФ НГУ, кафедра Программирования. Защитила на «отлично» бакалаврскую дипломную работу «Моделирование нейронной сети C. elegans в программной среде NEURON» в 2015 г.
  6. Дзинзе Ю (Jinze Yu) (по программе международного обмена НГУ). Защитил на «отлично» бакалаврскую дипломную работу «Высокопроизводительные вычисления для задач моделирования жидкости в области биофизики живых систем» в 2012 г.
  7. Диберт Александр Андреевич, ММФ НГУ, защитил на «отлично» магистерскую дипломную работу «Некоторые аспекты моделирования нервной и мышечной системы нематоды C. elegans» на отлично в 2012 г.
  8. Диберт Александр Андреевич, ММФ НГУ, защитил на «отлично» бакалаврскую дипломную работу «Моделирование нервной и мышечной системы нематоды C. elegans в динамическом трехмерном окружении» на отлично в 2010 г.

Основные публикации:

  1. Titov I.I., Palyanov A.Yu. How a protein knots: folding simulation of lattice proteins // Biophysics. 2003. Т. 48. № SUPPL1, C.133-140. (Scopus).
  2. Palyanov A.Yu., Titov I.I., Chekmarev S.F., Karplus M. Simulation of protein misfolding using a lattice model // Biophysics. 2006. Т. 51. № SUPPL 1. С. 44-48. (Scopus).
  3. Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Kolchanov N.A., Sarai A. AUG-hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site // BMC Bioinformatics. 2007. Т. 8. С. 318. (Web of Science IF = 4.42) (Scopus).
  4. Palyanov A.Yu., Chekmarev S.F., Krivov S.V., Karplus M. A lattice protein with an amyloidogenic latent state: stability and folding kinetics // Journal of Physical Chemistry B: Biophysical Chemistry, Biomaterials, Liquids, and Soft Matter. 2007. Т. 111. № 10. С. 2675-2687. (Web of Science IF = 4.44) (Scopus).
  5. Chekmarev S.F., Palyanov A.Yu., Karplus M. Hydrodynamic description of protein folding // Physical Review Letters. 2008. Т. 100. № 1. С. 018107. (Web of Science IF = 7.2) (Scopus).
  6. Пальянов А.Ю. Решеточные модели белков с усложненным механизмом укладки, их энергетические поверхности и кинетика укладки // Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук / Институт химической кинетики и горения Сибирского отделения Российской академии наук. Новосибирск, 2008.
  7. Пальянов А.Ю. Решеточные модели белков с усложненным механизмом укладки, их энергетические поверхности и кинетика укладки // Диссертация на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук / Институт химической кинетики и горения Сибирского отделения Российской академии наук. Новосибирск, 2008.
  8. Пальянов А.Ю., Титов И.И., Чекмарев С.Ф., Карплус М. Фолдинг и мисфолдинг белков // В сборнике: Системная компьютерная биология. Монография. Серия «Интеграционные проекты СО РАН»; отв. ред. Н. А. Колчанов и др.. Новосибирск, 2008. С. 289-295.
  9. Нечкин С., Пальянов А., Черемушкин Е., Штокало Д., Альберт П., Лоренс Дж. Разработка объединенной среды для анализа и поиска микроРНК // Программные продукты и системы. 2008. № 4. С. 151-153.
  10. Guzhavina I.V., Denisyuk V.S., Murzin F.A., Palyanov A.Yu., Trelevich J. On recognition of low quality texts // Bull. Nov. Comp. Center, Ser.: Comput. Sci., 2009, v. 29, p. 49-61.
  11. А.Ю. Пальянов, Е.С. Черемушкин, Д.Н. Штокало, С.С. Нечкин, М. Хейдариан, Дж. Лоренс. Структурный анализ состава РНК-последовательностей, связывающихся с белком HuR // Программные продукты и системы, 2010, Т. 3, С. 144–146.
  12. А.Ю. Пальянов, С.С. Хайрулин, А.А. Диберт. На пути к виртуальному организму под управлением цифровой копии его нервной системы: результаты и перспективы для нематоды C. elegans //Перспективы Систем Информатики, рабочий семинар «Наукоемкое программное обеспечение», 2011, с. 180-186.
  13. G. Idili, M. Cantarelli, M. Buibas, T. Busbice, J. Coggan, C. Grove, S. Khayrulin, A. Palyanov and S. Larson. Managing Complexity in Multi-Algorithm, Multi-Scale Biological Simulations: An Integrated Software Engineering and Neuroinformatics Approach // 4th INCF Congress of Neuroinformatics, Boston, United States, 2011, С. 288-289.
  14. Palyanov, S. Khayrulin, S. Larson and A. Dibert. Towards a virtual C. elegans: A framework for simulation and visualization of the neuromuscular system in a 3D physical environment. // In Silico Biology (2011/2012) 11(3): 137-147 (Scopus).
  15. А.Ю. Пальянов, Н.В. Пальянова, С.С. Хайрулин. О проблемах моделирования нейронных сетей живых организмов // Вестник НГУ, 2012, 10(3): 46-57 (включен в перечень ВАК).
  16. G. St Laurent III, D. Shtokalo, M. Heydarian, A. Palyanov, D. Babiy, J. Zhou, A. Kumar, S. Urcuqui-Inchima. Insights from the HuR-interacting transcriptome: ncRNAs, ubiquitin pathways, and patterns of secondary structure dependent RNA interactions // Molecular Genetics and Genomics, 2012, 287(11-12):867- 79.  (Web of Science IF = 2.635) (Scopus).
  17. T. Busbice, P. Gleeson, S. Khayrulin, M. Cantarelli, A. Dibert, D. Idili, A. Palyanov, S. Larson. The NeuroML C. elegans connectome // Front. Neuroinform. Conference Abstract: 5th INCF Congress of Neuroinformatics, 2012, p. 82-83.
  18. Vella M., Palyanov A., Gleeson P., Khayrulin S. Integration of predictive-corrective incompressible SPH and Hodgkin-Huxley based models in the OpenWorm in silico model of C. elegans // Proc. 22-nd Annual Meeting for Computational Neuroscience CNS 2013, BMC Neuroscience, 2013, 14(Suppl. 1), P209.
  19. Демин А.В., Пальянов А.Ю. Обучаюшаяся система управления локомоцией для 3D модели нематоды C. elegans // Нейроинформатика. 2012. Т. 6. № 1. С. 42-49.
  20. B. Szigeti, P. Gleeson, M. Vella, S. Khayrulin, A. Palyanov, J. Hokanson, M. Currie, M. Cantarelli, G. Idili, S. Larson. OpenWorm: an open-science approach to modeling Caenorhabditis elegans. Frontiers in Computational Neuroscience, 2014, 8: 1-7. (Web of Science, IF=2.2) (Scopus).
  21. А.Ю. Пальянов, С.С. Хайрулин. Sibernetic: программный комплекс на базе алгоритма PCI SPH, ориентированный на задачи моделирования в области биомеханики живых систем // Вавиловский журнал генетики и селекции, 2014, 18 (4) (включен в перечень ВАК).
  22. А.Ю. Пальянов, А.С. Ратушняк. Об особенностях распространения сигналов в нервной системе C. elegans // Вавиловский журнал генетики и селекции, 2014, 18 (4). (включен в перечень ВАК).
  23. A.Yu. Palyanov, S.S. Khayrulin. Sibernetic: A Software Complex Based on the PCI SPH Algorithm Aimed at Simulation Problems in Biomechanics // Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(6): 635–641. (Scopus)
  24. P. Gleeson, M. Cantarelli, M. Currie, J. Hokanson, G. Idili, S. Khayrulin, A. Palyanov, B. Szigeti, S. Larson. The OpenWorm Project: currently available resources and future plans // Proc. CNS-2015, BMC Neuroscience, 2015, 16 (Suppl. 1): P141.
  25. Levichev A. and Palyanov A. On Separation between Metric Observers in Segal’s Compact Cosmos // Journal of Modern Physics, 2015, Т.6, С. 2040-2049.
  26. A.Yu. Palyanov, A.S. Ratushnyak. Some Details of Signal Propagation in the Nervous System of C. elegans. // Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(6): 642–649. (Scopus).
  27. А.В.Левичев, А.Ю.Пальянов, Анализ в космических расслоениях на основе группы U(1,1): основные таблицы инфинитезимального SU(2,2)-действия // Математические структуры и моделирование, 2016, 4(40): с. 26-40.
  28. Palyanov, S. Khayrulin, S. Larson. Application of smoothed particle hydrodynamics to modeling mechanisms of biological tissue, Advances in Engineering Software, 2016, Т. 98, С. 1-11. (Web of Science IF=1.4) (Scopus).
  29. Yu. Palyanov, S.F. Chekmarev. Hydrodynamic description of protein folding: the decrease of the probability fluxes as an indicator of transition states in two-state folders // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2017, 35 (14): 3152-60. (Web of Science IF = 2.3) (Scopus).
  30. Sarma G.P., Lee C.W., Portegys T., Ghayoomie V.,  Jacobs T., Alicea B., Cantarelli M., Currie M., Gerkin R.C., Gingell S., Gleeson P., Gordon R., Hasani R.M., Idili G., Khayrulin S., Lung D.,  Palyanov A., Watts M., Larson S.D. OpenWorm: overview and recent advances in integrative biological simulation of Caenorhabditis elegans. // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2018, 373: 20170382. (Web of Science IF = 5.67, Scopus)
  31. Palyanov A., Khayrulin S., Larson S.D. Three-dimensional realistic model of the Caenorhabditis elegans body and muscle cells in liquid and gel environments for behavioral analysis // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2018, 373: 20170376. (Web of Science IF = 5.67, Scopus)