Пальянов Андрей Юрьевич

 

Образование:

  • 1998 г. Окончил школу-колледж №130 с углубленным изучением английского языка
  • 2002 г. Присуждена степень бакалавра физики (Новосибирский Государственный Университет, Физический факультет, кафедра Химической и биологической физики)
  • 2004 г. Присуждена степень магистра физики (Новосибирский Государственный Университет, Физический факультет, кафедра Химической и биологической физики)
  • 14.05.2008. Защитил кандидатскую диссертацию (к.ф.-м.н) в Институте химической кинетики и горения СО РАН на тему «Решеточные модели белков с усложненным механизмом укладки, их энергетические поверхности и кинетика укладки» (под руководством д.ф.-м.н., профессора С.Ф. Чекмарева и к.ф.-м.н. И.И. Титова).

Карьера:

  • 2015 г. – н.в. Институт систем информатики СО РАН им. А.П. Ершова, Новосибирск, старший научный сотрудник, Лаборатория моделирования сложных систем.
  • 2011–2015 г. Институт систем информатики СО РАН им. А.П. Ершова, Новосибирск, ученый секретарь.
  • 2008–2011 г. Институт систем информатики СО РАН им. А.П. Ершова, Новосибирск, научный сотрудник, Лаборатория моделирования сложных систем.
  • 2004–2008 г. Институт теплофизики СО РАН, Новосибирск, аспирант.
  • 2006 г. Université Louis Pasteur, Biophysical Chemistry Lab (зав. лаб. M. Karplus). Strasbourg, Ph.D. student.
  • 2000–2004 г. Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, дипломная практика (бакалавратура, магистратура). Лаборатория теоретической генетики (зав. лаб. Колчанов Н. А.).
  • 2003-2005 Научный образовательный центр "Молекулярный дизайн и экологически безопасные технологии" при НГУ, лаборант-исследователь.

Участие в научных грантах:

  • Грант РФФИ №18-07-00903-А «Компьютерное моделирование и валидация механизмов генерации периодических сигналов и управления мышцами тела в нервной системе C. elegans», 2018-2020 гг., руководитель А.Ю. Пальянов.
  • Грант Президента РФ № МК-5714.2015.9 Грант Президента РФ № МК-5714.2015.9 «Разработка методологии и алгоритмической базы для создания первого виртуального организма под управлением биологически обоснованной компьютерной модели его нейронной сети», 2015-2016 гг., руководитель - А.Ю. Пальянов.
  • Грант РНФ №14-14-00325 «Развитие гидродинамического подхода к исследованию процесса укладки белков: поля потоков укладки, потенциал движущих сил и явления турбулентности», 2014-2016 гг., руководитель - д.ф.-м.н., проф. С.Ф Чекмарев.
  • Грант РФФИ №14-07-31039-мол_а, «Разработка методологии и алгоритмической базы для задач моделирования в области биофизики живых систем», 2014-2015 гг., руководитель А.Ю. Пальянов.
  • Междисциплинарный интеграционный проект СО РАН №136 «Исследование информационных и молекулярно-генетических механизмов функционирования сетей нейронов на основе экспериментально-компьютерных подходов», 2012-2014 г. (руководитель проекта - академик РАН Н.А. Колчанов, ИЦиГ СО РАН; руководитель блока «Компьютерный анализ и моделирование нейронов и сетей нейронов нематоды C. elegans» в ИСИ СО РАН - А.Ю. Пальянов).
  • РФФИ 08-04-91104-АФГИР_а «Гидродинамический подход к анализу укладки белков и других сложных реакций», 2008-2009 гг., руководитель - д.ф.-м.н., проф. С.Ф Чекмарев.
  • CRDF (Protein Folding: A Kinetic Approach to the Mechanism of Protein Folding, RUP2-2629-NO-04).
  • CRDF (Award No. NO-008-X1).
  • INTAS (Experimental and theoretical investigation of dynamic processes in biological macromolecules, № 2001-2126).
  • РФФИ (Пути реакции в сложных атомно-молекулярных системах, № 02-03-32048).
  • РФФИ (Интегрированная электронная библиотека по пространственным структурам и функциям ДНК, РНК, белков и генных сетей, № 01-07-90376).
  • Междисциплинарный интеграционный проект СО РАН № 119 «Генные сети: компьютерный анализ и моделирование структурно-функциональной организации и эволюции».
  • Междисциплинарный интеграционный проект СО РАН № 148 «Самоорганизация, катализ и процессы химической эволюции в гравитационно и термодинамически неустойчивых системах, моделирующих ранние этапы формирования Земли».  

Публикации в СМИ:

Преподавательская деятельность:

Под моим научным руководством на кафедре ММФ НГУ выполнены и защищены следующие работы:

  1. Самойлова Христина Вячеславовна, ММФ НГУ, защитила на «отлично» магистерскую дипломную работу в 2017 г.
  2. Малышева Анастасия Дмитриевна, ММФ НГУ, защитила на «отлично» бакалаврскую дипломную работу в 2017 г.
  3. Тарабрин Алексей Аркадьевич, ММФ НГУ, защитил на «отлично» бакалаврскую дипломную работу в 2017 г.
  4. Сердцева Надежда Андреевна, ММФ НГУ, защитила на «отлично» бакалаврскую дипломную работу «Разработка и применение системы для 3D визуализации и работы с моделями биологических нейронов на базе пакета NEURON» в 2016 г.
  5. Самойлова Христина Вячеславовна, ММФ НГУ, кафедра Программирования. Защитила на «отлично» бакалаврскую дипломную работу «Моделирование нейронной сети C. elegans в программной среде NEURON» в 2015 г.
  6. Дзинзе Ю (Jinze Yu) (по программе международного обмена НГУ). Защитил на «отлично» бакалаврскую дипломную работу «Высокопроизводительные вычисления для задач моделирования жидкости в области биофизики живых систем» в 2012 г.
  7. Диберт Александр Андреевич, ММФ НГУ, защитил на «отлично» магистерскую дипломную работу «Некоторые аспекты моделирования нервной и мышечной системы нематоды C. elegans» на отлично в 2012 г.
  8. Диберт Александр Андреевич, ММФ НГУ, защитил на «отлично» бакалаврскую дипломную работу «Моделирование нервной и мышечной системы нематоды C. elegans в динамическом трехмерном окружении» на отлично в 2010 г.

В настоящее время под моим руководством выполняют свои дипломные работы следующие студенты:

  1. Самойлова Христина Вячеславовна, 1-й год аспирантуры
  2. Титова София Игоревна, 1-й год магистритуры
  3. Кириллова Ирина Сергеевна, 1-й год бакалавратуры

Основные публикации:

  1. Titov I.I., Palyanov A.Yu. How a protein knots: folding simulation of lattice proteins // Biophysics. 2003. Т. 48. № SUPPL1, C.133-140. (Scopus).
  2. Palyanov A.Yu., Titov I.I., Chekmarev S.F., Karplus M. Simulation of protein misfolding using a lattice model // Biophysics. 2006. Т. 51. № SUPPL 1. С. 44-48. (Scopus).
  3. Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Kolchanov N.A., Sarai A. AUG-hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site // BMC Bioinformatics. 2007. Т. 8. С. 318. (Web of Science IF = 4.42) (Scopus).
  4. Palyanov A.Yu., Chekmarev S.F., Krivov S.V., Karplus M. A lattice protein with an amyloidogenic latent state: stability and folding kinetics // Journal of Physical Chemistry B: Biophysical Chemistry, Biomaterials, Liquids, and Soft Matter. 2007. Т. 111. № 10. С. 2675-2687. (Web of Science IF = 4.44) (Scopus).
  5. Chekmarev S.F., Palyanov A.Yu., Karplus M. Hydrodynamic description of protein folding // Physical Review Letters. 2008. Т. 100. № 1. С. 018107. (Web of Science IF = 7.2) (Scopus).
  6. Пальянов А.Ю. Решеточные модели белков с усложненным механизмом укладки, их энергетические поверхности и кинетика укладки // Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук / Институт химической кинетики и горения Сибирского отделения Российской академии наук. Новосибирск, 2008.
  7. Пальянов А.Ю. Решеточные модели белков с усложненным механизмом укладки, их энергетические поверхности и кинетика укладки // Диссертация на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук / Институт химической кинетики и горения Сибирского отделения Российской академии наук. Новосибирск, 2008.
  8. Пальянов А.Ю., Титов И.И., Чекмарев С.Ф., Карплус М. Фолдинг и мисфолдинг белков // В сборнике: Системная компьютерная биология. Монография. Серия «Интеграционные проекты СО РАН»; отв. ред. Н. А. Колчанов и др.. Новосибирск, 2008. С. 289-295.
  9. Нечкин С., Пальянов А., Черемушкин Е., Штокало Д., Альберт П., Лоренс Дж. Разработка объединенной среды для анализа и поиска микроРНК // Программные продукты и системы. 2008. № 4. С. 151-153.
  10. Guzhavina I.V., Denisyuk V.S., Murzin F.A., Palyanov A.Yu., Trelevich J. On recognition of low quality texts // Bull. Nov. Comp. Center, Ser.: Comput. Sci., 2009, v. 29, p. 49-61.
  11. А.Ю. Пальянов, Е.С. Черемушкин, Д.Н. Штокало, С.С. Нечкин, М. Хейдариан, Дж. Лоренс. Структурный анализ состава РНК-последовательностей, связывающихся с белком HuR // Программные продукты и системы, 2010, Т. 3, С. 144–146.
  12. А.Ю. Пальянов, С.С. Хайрулин, А.А. Диберт. На пути к виртуальному организму под управлением цифровой копии его нервной системы: результаты и перспективы для нематоды C. elegans //Перспективы Систем Информатики, рабочий семинар «Наукоемкое программное обеспечение», 2011, с. 180-186.
  13. G. Idili, M. Cantarelli, M. Buibas, T. Busbice, J. Coggan, C. Grove, S. Khayrulin, A. Palyanov and S. Larson. Managing Complexity in Multi-Algorithm, Multi-Scale Biological Simulations: An Integrated Software Engineering and Neuroinformatics Approach // 4th INCF Congress of Neuroinformatics, Boston, United States, 2011, С. 288-289.
  14. Palyanov, S. Khayrulin, S. Larson and A. Dibert. Towards a virtual C. elegans: A framework for simulation and visualization of the neuromuscular system in a 3D physical environment. // In Silico Biology (2011/2012) 11(3): 137-147 (Scopus).
  15. А.Ю. Пальянов, Н.В. Пальянова, С.С. Хайрулин. О проблемах моделирования нейронных сетей живых организмов // Вестник НГУ, 2012, 10(3): 46-57 (включен в перечень ВАК).
  16. G. St Laurent III, D. Shtokalo, M. Heydarian, A. Palyanov, D. Babiy, J. Zhou, A. Kumar, S. Urcuqui-Inchima. Insights from the HuR-interacting transcriptome: ncRNAs, ubiquitin pathways, and patterns of secondary structure dependent RNA interactions // Molecular Genetics and Genomics, 2012, 287(11-12):867- 79.  (Web of Science IF = 2.635) (Scopus).
  17. T. Busbice, P. Gleeson, S. Khayrulin, M. Cantarelli, A. Dibert, D. Idili, A. Palyanov, S. Larson. The NeuroML C. elegans connectome // Front. Neuroinform. Conference Abstract: 5th INCF Congress of Neuroinformatics, 2012, p. 82-83.
  18. Vella M., Palyanov A., Gleeson P., Khayrulin S. Integration of predictive-corrective incompressible SPH and Hodgkin-Huxley based models in the OpenWorm in silico model of C. elegans // Proc. 22-nd Annual Meeting for Computational Neuroscience CNS 2013, BMC Neuroscience, 2013, 14(Suppl. 1), P209.
  19. Демин А.В., Пальянов А.Ю. Обучаюшаяся система управления локомоцией для 3D модели нематоды C. elegans // Нейроинформатика. 2012. Т. 6. № 1. С. 42-49.
  20. B. Szigeti, P. Gleeson, M. Vella, S. Khayrulin, A. Palyanov, J. Hokanson, M. Currie, M. Cantarelli, G. Idili, S. Larson. OpenWorm: an open-science approach to modeling Caenorhabditis elegans. Frontiers in Computational Neuroscience, 2014, 8: 1-7. (Web of Science, IF=2.2) (Scopus).
  21. А.Ю. Пальянов, С.С. Хайрулин. Sibernetic: программный комплекс на базе алгоритма PCI SPH, ориентированный на задачи моделирования в области биомеханики живых систем // Вавиловский журнал генетики и селекции, 2014, 18 (4) (включен в перечень ВАК).
  22. А.Ю. Пальянов, А.С. Ратушняк. Об особенностях распространения сигналов в нервной системе C. elegans // Вавиловский журнал генетики и селекции, 2014, 18 (4). (включен в перечень ВАК).
  23. A.Yu. Palyanov, S.S. Khayrulin. Sibernetic: A Software Complex Based on the PCI SPH Algorithm Aimed at Simulation Problems in Biomechanics // Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(6): 635–641. (Scopus)
  24. P. Gleeson, M. Cantarelli, M. Currie, J. Hokanson, G. Idili, S. Khayrulin, A. Palyanov, B. Szigeti, S. Larson. The OpenWorm Project: currently available resources and future plans // Proc. CNS-2015, BMC Neuroscience, 2015, 16 (Suppl. 1): P141.
  25. Levichev A. and Palyanov A. On Separation between Metric Observers in Segal’s Compact Cosmos // Journal of Modern Physics, 2015, Т.6, С. 2040-2049.
  26. A.Yu. Palyanov, A.S. Ratushnyak. Some Details of Signal Propagation in the Nervous System of C. elegans. // Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(6): 642–649. (Scopus).
  27. А.В.Левичев, А.Ю.Пальянов, Анализ в космических расслоениях на основе группы U(1,1): основные таблицы инфинитезимального SU(2,2)-действия // Математические структуры и моделирование, 2016, 4(40): с. 26-40.
  28. Palyanov, S. Khayrulin, S. Larson. Application of smoothed particle hydrodynamics to modeling mechanisms of biological tissue, Advances in Engineering Software, 2016, Т. 98, С. 1-11. (Web of Science IF=1.4) (Scopus).
  29. Yu. Palyanov, S.F. Chekmarev. Hydrodynamic description of protein folding: the decrease of the probability fluxes as an indicator of transition states in two-state folders // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2017, 35 (14): 3152-60. (Web of Science IF = 2.3) (Scopus).